桃米溪流兩岸及天然濕地保存很多台灣原生的水生及濱溪植物，溪流源頭山區及丘陵地仍有部分天然森林，植物種類繁多並具有特色。

桃實百日靑、蓮華池柃木、呂氏菝葜、台灣玉葉金花、台灣紅豆樹等都是在其他地方不容易發現的珍貴且特有種植物。迷人而神秘的蕨類約有60種，例如筆筒樹、鬼桫欏、台灣桫欏等。圓葉節節菜、石菖蒲、黃花水龍、野慈姑、白花紫蘇草、台灣萍蓬草等都是常見的美麗水生植物。

桃實百日青（Podocarpus nakaii Hayata）

羅漢松科的常綠中喬木，特產於中部日月潭、埔里、魚池一帶海拔500~800公尺的闊葉林中，屬於狹隘分布的特有及稀有植物。

樹形優美嫩葉呈紅色，雌雄異株，種子呈歪斜的桃形，下部具有肥大肉質的種托，綠色的種子和紅色的種托有如「八」字，因此桃米人俗稱它為「八字青」。

生長緩慢質地堅硬的桃實百日青是上好建材，根系著地甚深，不畏風雨，是水土保持的優良樹種。921地震後社區居民選它作為「里樹」，更大量培育種植，希望這深具地域特色的植物，能在桃米自在生長。

蓮華池柃木（Eurya rengechiensis Yamamoto）

台灣特有種，常綠小喬木，全株光滑。葉為單葉，互生，革質，橢圓形或倒披針形。幼葉常呈紫紅色，葉端長尾狀，尾長約1公分，是它在野外的辨識特徵。依據1994年出版的台灣植物誌第一冊之記載，在南投縣魚池鄉蓮華池及竹山鎮清水溝有採集紀錄。主要分布於魚池鄉蓮華池附近，數量相當稀少。

蓮華池桑寄生（Taxillus tsaii Chiu）

寄生性灌木，特有種，僅生長在台灣中南部低海拔地區。寄生於苦茶、香楠、香葉樹、烏皮九芎、梅樹、銹葉灰木等樹上。依據1996年出版的台灣植物誌第二冊的記載，在南投縣蓮華池、高雄縣大關山及台東縣有採集紀錄。紅色的花冠筒及圓柱形漿果是它的辨識特色。它的葉是紅肩粉蝶及紅紋粉蝶的重要食草。

呂氏菝契（Smilax luei T. Koyama）

台灣產菝契科植物中呂氏菝契是唯一葉為盾狀著生者，也是分布地點狹隘而且最晚才被發現的植物，特產於魚池鄉五城村蓮華池附近海拔650公尺地區。

屬攀緣性藤本，莖長可達4公尺，枝條圓形或有稜角，無刺。單葉互生，葉披針形或披針狀卵形，革質，葉基圓形至淺凹形，於近基端盾狀著生，上表面綠色，背面灰綠色，主脈有5條，在葉兩面均明顯突起。單性花，雌雄異株。漿果球形，成熟時紫黑色。族群數量仍然不多，值得進一步關懷及保護。